A história do município começou no Faxinal, área próxima ao rio Jacuí que no início do século XX abrigava alguns poucos moradores. Os fazendeiros Morais e Pereira, com a ajuda dos capatazes Eurico Mathias de Moura e João Leonel dos Santos exploravam a pecuária nessa área.

Por volta de 1919, a região recebeu os primeiros imigrantes alemães. Provinda de Tapera, a família de Daniel Sauer resolveu instalar um moinho no Faxinal. Daniel era médico formado na Alemanha, e prestava atendimento na região.

Em 1924 começaram a chegar também os imigrantes italianos. Estes abriram picadas para encontrar a melhor localização para a instalação das moradias, construídas por eles mesmos com os pinheiros abundantes na região.

Os italianos deram continuidade no Faxinal aos hábitos e costumes que trouxeram das origens. A primeira capela foi erguida em 1929, tendo como padroeiro São Marcos e como capelão Pedro Favetti. Uma igreja maior foi construída em 1938, e o primeiro padre a atender a localidade foi o monsenhor Augusto Rizzi, pároco de Espumoso.

João Leonel dos Santos foi o primeiro professor da localidade. Inicialmente, as crianças eram reunidas em casa para as lições, mais tarde as aulas aconteciam num pavilhão, e depois na igreja; somente em 1934 foi construída a primeira escola.

Conforme depoimento de moradores, o nome da localidade surgiu por ocasião da festa de inauguração da escola, em 28 de julho de 1934. Naquela oportunidade o povo recebeu visitas de autoridades municipais de Soledade, município ao qual pertencia o Faxinal na época. Na solenidade, os representantes do município declararam que esse local deveria ser chamar Alto Alegre, por considerarem a festa animada, o povo muito alegre e o lugar bonito, aprazível e muito alto. O povo aceitou a ideia e o nome permanece até hoje.

Ao longo de sua formação, Alto Alegre ou por diversas fases. De um período inicial de pequenas indústrias tafonas, olarias, alambiques, moinho e uma fábrica de bebidas e comércio, ou-se gradativamente a uma nova fase, com a introdução da tecnologia na agricultura e a crescente valorização da soja e do trigo. A agricultura monocultora ou a ser o centro da economia.

Em 1964, o povo de Alto Alegre começou a mobilizar-se em prol da emancipação, que foi rapidamente sustada pela prefeitura de Espumoso, município ao qual o distrito estava então subordinado. Com a derrota, diversas famílias procuraram outros municípios e até outros estados, em busca de melhores condições de vida. Após muito trabalho e dedicação, a comissão emancipacionista alcançou sucesso em 20 de setembro de 1987: a vitória do sim foi esmagadora, com 94% dos votos, e Alto Alegre tornou-se independente de Espumoso.

Formação istrativa f2g5j

Distrito criado com a denominação de Depósito por Ato Municipal nº 2, de 19/09/1892, no município de Soledade.

Pelo Decreto Estadual nº 7.199, de 31/03/1938, o distrito é extinto e seu território é anexado ao município de Soledade como simples zona do distrito-sede.

Pelo Decreto-Lei Estadual nº 720, de 29/09/1944, Depósito figura como 3º subdistrito da sede do município de Soledade.

Pela Lei Municipal nº 21, de 08/03/1948, é recriado o distrito Depósito e anexado ao município de Soledade.

Pela Lei Municipal nº 110, de 20/05/1952, Depósito a a denominar-se Alto Alegre.

Pela Lei Estadual nº 2.554, de 18/12/1954, o distrito de Alto Alegre é transferido do município de Soledade para o de Espumoso.

Desmembrado de Espumoso, Alto Alegre é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 8.428, de 02/12/1987. O município é instalado em 1º/01/1989, constituído do distrito-sede.

Pela Lei Municipal nº 80, de 20/12/1989, são criados os distritos de Linha Bonita, Santa Lúcia, São José e Treze de Maio e anexados ao município de Alto Alegre.

Em divisão territorial datada de 2004, o município é constituído de cinco distritos: Alto Alegre, Linha Bonita, Santa Lúcia, São José e Treze de Maio.

Assim permanece em divisão territorial datada de 2017.